W przypadku spółki opodatkowanej w reżimie estońskiego CIT konieczne jest spełnienie przez nią szeregu warunków wskazanych w ustawie o CIT, w tym m.in. w zakresie struktury udziałowej. Udziałowcami, akcjonariuszami lub wspólnikami takiej spółki muszą być bowiem wyłącznie osoby fizyczne.
Fundacja rodzinna jest natomiast osobą prawną, a zatem wniesienie do niej udziałów/akcji spółki stosującej estoński CIT spowoduje utratę przez tę spółkę prawa do stosowania tej formy opodatkowania, co może wiązać się z szeregiem negatywnych skutków takich jak konieczność uiszczenia tzw. podatku od różnic przejściowych, czy też dokonania korekty przychodów i kosztów.
Warto jednak wskazać, że udziałowiec, akcjonariusz lub wspólnik spółki opodatkowanej na zasadach estońskiego CIT może być fundatorem, a także beneficjentem fundacji rodzinnej.